22 июня 1941 года в жизни коллектива института наступил особый период – период Великой Отечественной войны, которая явилась тяжелым испытанием для народа, его вооруженных сил. Победа далась нелегко. Ее ковали на фронте и в тылу миллионы людей.
В первые же дни войны стены института покинули около 400 преподавателей, служащих и студентов. Многие ушли на фронт добровольцами.
Большинство из ушедших прошли хорошую школу военного обучения. К 1940 году в институте было подготовлено 192 пулеметчика "ДП", 66 пулеметчиков станкового пулемета "Максим", 73 мото циклиста, 118 пистолетчиков, 21 радист-коротковолновик, 22 моториста-лодочника, 147 парашютистов I и II ст., 33 Ворошиловских стрелка I и II ст. и др. Первыми в области преподаватели, студенты и служащие на "отлично" сдали нормы на коллективный значок ПВХО.
Руководил институтом в годы войны доцент В.А. Оглодков.
Приоритетными задачами в 1941-1945 годы стали: научные разработки для военной промышленности, всемерная помощь фронту, сохранение контингента студентов, прием нового пополнения, своевременный выпуск специалистов. Выполнять эти задачи приходилось в крайне тяжелых условиях.
Два учебных корпуса с частью оборудования и транспортом пришлось освободить для военного (патронного) завода №540, рабочим завода выделить значительное количество мест в общежитиях. Другая часть оборудования перешла тресту Востсибуголь. Необходимый инвентарь и учебные пособия были переданы для поддержания профильных эвакуированных вузов – Ленинградского и Днепропетровского, многие материальные ценности законсервированы на складах.
Работа по эвакуации института требовала больших сил. Для освобождения помещений был установлен трехнедельный срок. Специально сформированные бригады из преподавателей и лаборантов трудились без устали и уложились в положенное время.
В первый год войны горно-металлургический сменил несколько помещений (юридическая школа, сельхозинститут), пока в 1942 году не получил здание педагогического института по ул. Транспортной, 3.
Преподавателями института были выполнены уникальные научные разработки: комбинированный метод сжигания углей с применением парогазовоздушной мельницы и метод получения биметалла, заменявшего дефицитные цветные металлы при производстве различных деталей; исследования по закалке стальной проволоки для изготовления сверл, необходимых для патронного производства; исследования по извлечению золота из руд и концентратов золотосульфидных месторождений Сибири по заданию трестов Якутзолото и Енисейзолото; предложена методика выбора рациональной системы очистных работ слюдяных месторождений; произведены исчерпывающие исследования по обогащению ряда неметаллических полезных ископаемых Сибири (графит, каолин, корунд, асбест). Кроме того, ученые института исследовали обогатимость углей Иркутской области и БМ АССР, способы получения мела и цемента из местного сырья, занимались изучением вопросов региональной геологии Сибирской платформы и ее складчатого обрамления, получением жидкого топлива из местных углей. Работа Г.К. Кропачева "Получение жидкого топлива из бурых углей" стала основанием для строительства двух опытных заводов по производству жидкого топлива. Были выполнены актуальные работы по переводу мартеновской печи на новый вид топлива на заводе тяжелого машиностроения им. В.В. Куйбышева и др.
В числе ученых, занимавшихся этими исследованиями, были М.К. Косыгин, И.К. Скобеев, В. Р.Хохлов, Г.К. Кропачев, В.А. Глембоцкий, В.И. Гаркуша, Н.А. Гарбуз, А.И. Марков, В.Н. Данилович, А.Л. Перепелица, М.М. Лавров, М.М. Одинцов. Считая себя мобилизованными, работая по 10-12 и более часов в сутки, они внесли неоценимый вклад не только в дело Победы, но и в развитие промышленности Сибири и Дальнего Востока.
На основе научных исследований шла защита диссертаций. Количество преподавателей, имеющих ученые звания и степени, увеличилось с 12 в 1941 году до 27 в 1944. Вышли из печати два сборника научных трудов, несколько брошюр и бюллетеней "В помощь производству". За годы войны объем научных исследований института увеличился в четыре раза, подготовлено 393 инженера.
С переездами из одного помещения в другое была утрачена часть коллекции минералогического музея (из 15 тыс. образцов к 1947 году осталось всего 3,5), библиотечных книг, пришло в негодность оборудование лабораторий и кабинетов. Материальная база создавалась практически заново. Благодаря усилиям директора института Д.Л. Поскотина существенную помощь в ее укреплении оказали промышленные предприятия Восточной Сибири и выпускники.
В результате коренным образом было переоборудовано большинство лабораторий, в частности, по электротехнике и электрическим машинам, обогащению полезных ископаемых, металлургии цветных и благородных металлов и других. Оснащенность их значительно превзошла довоенный уровень.
Постепенно жизнь института налаживалась. В 1947 году выпуск инженеров почти удвоился и составил уже 106 человек вместо 56 в 1946 году. Увеличился контингент студентов, выросло количество преподавателей, среди них были фронтовики – гордость и опора института.
В 1947 году Иркутск стал центром проведения важнейшего общесоюзного мероприятия – Первой всесоюзной конференции по развитию производительных сил Восточной Сибири, организованной АН СССР. Профессорско-преподавательский состав института принял в ней активное участие. В судьбе института конференция сыграла исключительно важную роль.
К своему 20-летию институт превратился в крупное учебное заведение и научный центр, пользующийся высоким авторитетом среди предприятий Сибири и Дальнего Востока. Для подготовки квалифицированных специалистов была создана необходимая материальная база: 32 лаборатории, 16 учебных кабинетов, механические мастерские, буровой парк, физкультурный зал, библиотека с фондом в 236 тыс. книг. Учебный процесс вели высококвалифицированные преподаватели. В числе 119 человек были 2 доктора и 31 кандидат наук. За этот период институт подготовил для народного хозяйства страны 1534 специалиста.
50-е годы в истории института – период не менее трудный, чем годы его становления. Резко увеличился контингент студентов ( 1949 г. – 859; 1950 г. – 1270; 1954 г. – 2170). В связи с этим сразу возникло множество проблем и прежде всего – жилищная и аудиторного фонда.
Занятия шли в три смены – с утра по полуночи. Читальный зал библиотеки имел всего 70 рабочих мест, физкультурный – только 25. Общежитиями было обеспечено лишь 700 студентов, причем основную часть общежитий составляли бараки, подлежащие сносу, ибо все сроки амортизации их давно истекли. Только в конце 1951 года началось строительство общежития на 446 мест. Строительство же нового учебного корпуса института постоянно откладывалось.
В апреле 1955 года министром высшего образования СССР В.П. Елютиным было утверждено задание на проектирование института, а в 1956 году развернулось крупномасштабное строительство, какого город еще не знал: создавался студенческий городок. На огромной площадке одновременно возводился институт, общежития, жилые дома, фабрика-кухня. Все студенты и преподаватели стали строителями.
Сегодня в университете работают еще те, кто помнит, куда они вложили свой труд при строительстве того или иного корпуса, общежития, жилого дома, где было ими посажено дерево. Всю эту огромную работу возложил на свои плечи ректор Анатолий Андреевич Игошин. Он руководил институтом с 1952 по 1977 год.
Институт продолжал функционировать, расширяя масштабы подготовки специалистов. Когда в начале 50-х годов возрос спрос на инженеров машиностроительного профиля, было решено перейти на вечернюю форму обучения, используя при этом материальную базу заинтересованных предприятий. Первый филиал был открыт в 1953 году в Иркутске- II при авиационном заводе, где началась подготовка инженеров по специальности "Самолетостроение". Среди студентов-вечерников первых наборов были начальники отделов, цехов, ведущие специалисты этих предприятий.
Желающих учиться без отрыва от производства было много, ежегодно на 1-й курс принимали 100-125 человек.
Институт продолжал расширяться. В 1959 году в его структуре появился Братский учебно-консультационный пункт. В этом же году был организован, а в 1960 году произвел первый набор вечерний факультет в Черемхове.
В 1960 году контингент студентов составил уже 6500 человек. До 470 человек увеличился преподавательский состав. К этому времени были сданы в эксплуатацию 3 студенческих общежития, что значительно разрешило жилищную проблему студентов и преподавателей.
К своему тридцатилетию институт качественно и количественно изменился. Развиваясь в соответствии с велением времени, он вышел за пределы горно-металлургического профиля, заложив тем самым тенденции для формирования многопрофильного вуза. Судьбоносной в этом смысле можно считать Вторую всесоюзную конференцию по развитию производительных сил Восточной Сибири (1958), определившую Иркутский горно-металлургический институт центром подготовки инженерных кадров региона.